進行內窺鏡檢查時，醫生會將內窺鏡經人體的天然開口放進需進行檢查的管道，例如消化道、氣管等，以檢查身體內相關的地方。常見的內窺鏡檢查包括大腸鏡、胃鏡、支氣管內視鏡等。而於部分內窺鏡檢查進行的同時，醫生亦能通過各種輔助儀器，對病源作活鉗樣本化驗及進行治療。
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